根據(jù)實驗要求制備樣品完畢后。即可進行觀察。基本步驟如下：
(1)開啟儀器電源及光源：一般先開啟顯微鏡和激光器，再啟動計算機，然后啟動操作軟件，設(shè)置熒光樣品的激發(fā)光波長，選擇相應(yīng)的濾光鏡組塊。以便光電倍增管(photomultipliertube，PMT)檢測器能得到足夠的信號結(jié)果。使用汞燈的注意事項同普通熒光顯微鏡。
(2)設(shè)置相應(yīng)的掃描方式：在目視模式下.調(diào)整所用物鏡放大倍數(shù)，在熒光顯微鏡下找到需要檢測的細胞。切換到掃描模式，調(diào)整雙孔針和激光強度參數(shù)，即可得到清晰的共聚焦圖像。
(3)獲取圖像：選擇合適的圖像分辨率，將樣品完整掃描后，保存圖像結(jié)果即可。
(4)關(guān)閉儀器：儀器測定樣品結(jié)束后，先關(guān)閉激光器部分，計算機仍可繼續(xù)進行圖像和數(shù)據(jù)處理。若要退出整個激光掃描共聚焦顯微鏡系統(tǒng).則應(yīng)該在激光器關(guān)閉后，待其冷卻至少10分鐘后再關(guān)閉計算機及總開關(guān)。
聚焦離子束顯微鏡的操作注意事項及維護保養(yǎng)：
(1)儀器周圍要遠離電磁輻射源；
(2)環(huán)境無震動，無強烈的空氣擾動；
(3)室內(nèi)具有遮光系統(tǒng)，保證熒光樣品不會被外源光漂白；
(4)環(huán)境清潔；
(5)控制工作溫度在5～25℃。
